药流清宫后半个月肚子疼可能是子宫收缩不良、继发性感染等原因导致。药物流产清宫以后,如果有残留在宫腔内,可能会影响子宫收缩,导致阴道出血量增多,出血时间延长,而且还会继发性地导致感染。另外如果流产以后短时间内不慎进行了性生活或者是盆浴,可能导致逆行感染,还可能会出现盆腔脓肿,可能会导致腹痛、腰痛、持续性的阴道流血有异味等症状。