精子畸形率高达99%情况下怀孕了不建议保留。由于精子畸形率过高,可能会导致胚胎染色体异常,从而引起反复自然流产或者胚胎停育的情况发生。如果女性已经成功受孕且妊娠期间没有出现明显的不适症状,则可以继续观察。但如果出现了腹痛、阴道出血等不良反应,则需要及时就医治疗。面对精子畸形率高的问题时,应避免过度焦虑,同时保持良好的生活习惯,如规律作息和均衡饮食,以提高生育健康的可能性。