流注理论和巴氏理论的区别在于定义、操作方法、主要疾病等方面。
1、定义
流注是中医的一种说法，是以肌肉深部疼痛或肿胀为特征的一种疾病，主要发生于肌肉丰厚的部位，比如肩部、腰部等。而巴氏则是一种学术名称，是通过用针刺激神经传导，从而达到治疗疾病的目的。
2、操作方法
流注是一种针刺操作的方法，主要是通过刺激穴位的方式进行治疗。而巴氏主要是通过用热毛巾热敷的方式进行缓解，也可以通过按摩的方式进行治疗。
3、主要疾病
流注主要是以肌肉深部疼痛或肿胀为特征的疾病，主要发生于肌肉丰厚的部位，比如肩部、腰部等。而巴氏则主要是用于治疗关节炎、风湿性关节炎等疾病。
除以上比较常见的区别以外，还有其他的区别，比如疗效等。
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