肠道巨细胞病毒感染主要是以抗病毒治疗为主。患者可以选择更昔洛韦等药物,一般疗程在2-4周左右。对于一些免疫缺陷的患者,疗程需要相对延长,并且患者需要在治疗的过程中注意监测药物的不良反应,如白细胞、血小板的减少以及肝功能损害等。此外,患者也可以使用其他的抗病毒药物治疗,如膦甲酸钠、阿昔洛韦等。