引起新生儿大便时候哭闹的原因有以下几种情况:1、可能是出现了便秘情况。由于新生儿消化系统还不完善,消化能力弱,很容易出现消化不良的情况。2、有可能是因为着凉拉稀了引起腹痛的情况,导致新生儿在大便时候哭闹。3、还有可能是肛门周围有发红炎症等情况,引起宝宝不适也会出现哭闹情况。建议家长必要的时候可以带宝宝到正规的医院外科就诊治疗,并且要适当的给宝宝喝一些温开水,促进身体的新陈代谢。