凌晨两三点起来大便，多考虑是因为正常的生理现象导致的，也不排除是因为急性胃肠炎、肠易激综合征等疾病导致的，需要根据具体情况进行详细地分析。
1、正常的生理现象
可能是由于晚餐进食较多，或者是进食较晚，食物还没有完全消化，从而导致凌晨两三点出现排便的现象。一般属于正常的生理现象，不必过于担心，也不需要特殊的治疗。建议患者在日常生活中要少食多餐，注意三餐规律，避免暴饮暴食。
2、急性胃肠炎
急性胃肠炎可能是因为进食卫生不洁的食物，导致细菌、病毒等微生物感染，刺激胃肠道黏膜，胃肠道黏膜受到损伤，从而出现腹泻的症状，导致凌晨两三点出现排便的现象。患者可以在医生的指导下口服左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊等药物进行抗感染治疗。同时也要注意卧床休息，多喝水，避免劳累，有利于疾病恢复。
3、肠易激综合征
肠易激综合征可能是因为遗传、精神心理障碍、肠道感染等因素导致的，由于胃肠道动力异常，从而导致出现腹泻的症状，导致凌晨两三点出现排便的现象。患者可以在医生的指导下口服蒙脱石散、乳果糖口服溶液等药物进行治疗。
除此之外，也有可能是因为溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核等疾病导致的。如果患者出现身体不适，建议及时去医院就医，以免延误病情。
北京协和医院
贵州省第二人民医院
北京大学第三医院
七十味珍珠丸
清热消炎宁胶囊
坤泰胶囊
