通常情况下，长期伏案，肩膀酸疼多考虑是肌肉劳损引起的，也可能是颈椎病、肩关节周围炎等原因引起的，可以根据不同的原因选择针对性的治疗。
1、肌肉劳损
如果长时间伏案工作，可能会导致肩部肌肉长时间处于紧张状态，从而引起肌肉劳损，出现局部疼痛、活动不适等症状。患者可以通过局部按摩的方式，能够促进血液循环，有利于症状的改善。另外，患者也可以通过红外线照射的方式，能够促进炎症消退，缓解疼痛症状。
2、颈椎病
如果长时间伏案工作，可能会导致颈椎间盘发生退行性病变，从而引起颈肩部不适，出现上肢麻木、疼痛等症状。建议患者可以在医生的指导下使用塞来昔布胶囊、对乙酰氨基酚片等药物辅助改善，平时要注意保持良好的坐姿习惯，避免长期低头。
3、肩关节周围炎
肩关节周围炎是肩关节囊及其周围韧带、肌腱和滑囊的慢性特异性炎症。如果长时间伏案工作，可能会导致肩部周围肌肉劳损，出现肩关节周围疼痛、活动受限等症状。建议患者可以遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、依托考昔片等药物辅助改善。另外，患者也可以通过爬墙法、划轮法等方式进行锻炼，缓解不适症状。
除此之外，也可能是肌腱炎、骨质疏松症、骨关节炎等原因引起的，患者可以在正规医院通过X线检查、磁共振检查等检查明确病因后遵医嘱进行治疗。
首都医科大学附属北京儿童医院
北京协和医院
贵州省第二人民医院
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